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GPSno: 癌癥中 snoRNA 的遺傳和藥物基因組學

欄目:最新研究動態 發布時間:2021-09-16
GPSno (https://hanlab.uth.edu/GPSno/)通過使用來自癌癥基因組圖譜 (TCGA) 的數千數據,表征了遺傳變異......


GPSno https://hanlab.uth.edu/GPSno/)通過使用來自癌癥基因組圖譜 (TCGA) 的數千數據,表征了遺傳變異對 29 種癌癥類型的 snoRNA 的影響,將相關等位基因與患者存活率以及全基因組關聯研究風險位點聯系起來,并表征了 snoRNA 表達對患者藥物反應的影響。

                                               


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Cis-snoQTLs

29 種癌癥類型中以 FDR < 0.05 為篩選標準,鑒定了 69,557 snoQTL-snoRNA 基因對,供用戶搜索或瀏覽:


用戶需要選擇癌癥類型,填寫SNP ID或者snoRNA名稱進行查詢。查詢結果將在頁面下方顯示,結果可以以excel格式進行下載;點擊“Plot”顯示snoRNA表達量結果圖,可以以PDF格式進行下載。




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Trans-snoQTLs

29 種癌癥類型中以 FDR < 0.05為篩選標準, 鑒定了 34,151 snoQTL-snoRNA 基因對,供用戶搜索或瀏覽:


搜索方式與“Cis-snoQTLs”模塊相同,搜索結果也可以進行下載。




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Survival-associated snoQTLs

該模塊確定了 1,840 個與不同癌癥類型患者總生存相關的 snoQTLFDR < 0.2


該模塊需要選擇癌癥類型、輸入SNP ID進行查詢。




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GWAS-related snoQTLs

該模塊鑒定了 29,795 snoQTL-snoRNA 對,其中 snoQTL GWAS 連鎖不平衡 (LD) 區域 (r2 ≥ 0.5) 重疊。


選擇癌癥類型、LD指數(0.5-1.0),輸入SNP ID可進行查詢。

 

l  Drug response

該模塊在18 種癌癥類型中以 FDR < 0.2為篩選標準, 鑒定了 27,877 snoRNA-藥物反應對,供用戶搜索或瀏覽。


用戶可以根據藥物查詢,也可以根據SnoRNA進行查詢。




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