人類癌癥是由具有不同表型、基因型和表觀遺傳狀態的細胞組成的復雜生態系統。這種腫瘤內異質性是癌癥治療的主要障礙，也是大塊腫瘤分析中的重要混雜因素。單細胞RNA測序 (scRNA-seq) 技術是探索組織異質性和細胞變異性的有力手段 ，并提供前所未有的機會來解決越來越具有挑戰性的生物學問題并了解癌癥發展中涉及的非典型功能機制。目前，已經基于研究需求開發了許多單細胞測序數據庫。目前的數據庫主要關注基因表達，而在腫瘤內，細胞表現出由基因調控微調驅動的不同行為。因此，需要探索腫瘤中單細胞水平的基因-基因關聯。

越來越多的證據表明，LncRNA相關的競爭性內源RNA（ceRNA）調控與細胞命運的確定和各種人類疾病相關。雖然出現了一些包含ceRNA的數據庫，有助于了解ceRNA介導的腫瘤調控過程，但仍缺乏專門用于解密單細胞內ceRNA介導的調控的數據庫。

基于以上背景作者開發了LnCeCell數據庫用于記錄細胞特異性 lncRNA 相關 ceRNA 網絡。該數據庫相關文章發表在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.972）。

LnCeCell 是對來自 25 種癌癥的數千個細胞的細胞特異性 ceRNA 調控的整理，包括：1. 超過9000個實驗支持的腫瘤轉移、復發、預后、循環和耐藥性的 lncRNA 生物標志物；2. 用于原發性、惡性和轉移性癌細胞和免疫細胞的細胞特異性 ceRNA 網絡；3. 從文獻和相關數據來源手動輸入的 ceRNA 亞細胞位置的詳細信息；4. 不同細胞群的集群，表現出不同的行為，例如血管生成、細胞凋亡、細胞周期、侵襲、增殖和干性。

LnCeCell 允許用戶在單個細胞中探索 lncRNA 相關的 ceRNA 網絡，并推斷不同腫瘤微環境中的細胞狀態和功能。LnCeCell 描述了來自 scRNA-seq 數據集的單個細胞的幾個方面，包括 ceRNA 網絡、功能狀態、細胞聚類圖等，并且 ceRNA 調控的特征包括以下信息：在不同細胞群中的分布、亞細胞定位、相關 ceRNA 鄰居網絡、功能富集、相關癌癥標志、實驗支持的 lncRNA 生物標志物以及各種癌癥的生存分析。易于使用的界面允許搜索、瀏覽、可視化和下載數據。對于每個 scRNA-seq 數據集，LnCeCell 根據 ceRNA 表達譜將細胞分類為不同的細胞群，并提供細胞群的全局圖。單擊“ceRNA”時，用戶需要輸入一對 ceRNA（一個 mRNA 和一個 lncRNA）的基因名稱或 Ensembl ID，以及用戶希望探索的數據集。LnCeCell 將根據細胞的 ceRNA 發生情況將細胞分類為不同的細胞群，并提供細胞群的全局圖。

LnCeCell 提供了用戶友好的搜索和瀏覽接口。此外，“主頁”頁面上提供了“快速搜索”界面，允許用戶直接調查數據或執行分析。所有單細胞、lncRNA、mRNA 和癌癥生物標志物都可以在“瀏覽”頁面上全面查看。單擊“疾病”目錄下列出的某個數據集，LnCeCell 將提供所有相關細胞的圖表，其中每個細胞的大小和顏色隨細胞中識別的 ceRNA 規則的數量而變化。單擊圖表中的每個單元格可以查看詳細信息。為了進一步過濾結果表，LnCeCell 在數據表頂部提供了一個搜索框，允許用戶使用關鍵字（例如某種類型的疾病或組織）獲得更精確的結果。用戶可以通過單擊不同的列標題來重新排列數據表。點擊“復制”、“Excel”、“CSV”和“PDF”按鈕，可以靈活下載ceRNA和細胞的定制結果表。LnCeCell 中的所有數據都可以在“下載”頁面上免費下載。