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RNA測序鑒定新的lncRNA作為結直腸癌的診斷標志物1

欄目:最新研究動態 發布時間:2018-03-29
長鏈非編碼RNA(lncRNA)雖然已經被應用到人體病理學中,但是其在結直腸癌發生過程中的功能作用卻還不完全清楚。為了研究lncRNA......

RNA測序鑒定新的lncRNA作為結直腸癌的診斷標志物1
 
長鏈非編碼RNA(lncRNA)雖然已經被應用到人體病理學中,但是其在結直腸癌發生過程中的功能作用卻還不完全清楚。為了研究lncRNA在結直腸癌發生過程中的所發揮的作用,作者通過RNA測序的方法分析3對結直腸癌和配對正常粘膜組織的全轉錄組。結合TCGA數據集,作者鑒定出了27個表達上調的和22個表達下調的lncRNA。并采用RT-PCR驗證了4個表達上調的lncRNA(CRCAL-1,CRCAL-2,CRCAL-3和CRCAL-4)在139個結直腸癌組織和配對的正常粘膜組織中的表達。在結腸癌細胞中敲除CRCAL-3和CRCAL-4,能降低細胞活性和克隆形成能力,誘導細胞周期停滯。通過對TCGA的結腸癌數據進行分析,作者發現CRCAL-3和CRCAL-4與細胞周期相關,并利用RNA測序數據構建了差異表達的lncRNA和mRNA的共表達網絡圖。
 
技術路線圖:

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
研究結果:

圖1  RNA測序(左圖)和TCGA結腸癌數據(右圖)的熱圖分析。
 

圖2  RT-PCR 驗證CRCAL-1,CRCAL-2,CRCAL-3和CRCAL-4在139個結直腸癌組織中的表達。

圖3  在結腸癌細胞HCT116和SW620中敲除CRCAL-3和CRCAL-4后,檢測對細胞的的影響。

圖4  利用TCGA數據集分析CRCAL-3和CRCAL-4,并構建RNA測序得到的差異lncRNA和mRNA的共表達網絡圖。
 
1.Yamada, A., P. Yu, W. Lin, et al., A RNA-Sequencing approach for the identification of novel long non-coding RNA biomarkers in colorectal cancer. Sci Rep, 2018. 8(1): p. 575.

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