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microRNA-mRNA芯片整合分析

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microRNA-mRNA芯片整合分析

microRNA-mRNA芯片整合分析
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1.分析流程圖

2. 分析方法概要

  ①利用統計檢驗篩選差異表達microRNA

   ②利用GSEA統計檢驗篩選差異功能集(gene set),利用STRINGS蛋白質功能相關網絡針對每個差異功能集內建立基因之間的相互關系,從而建立差異功能模塊(module)
GSEA的工作原理如圖:


③利用MicroCosm軟件預測microRNA的靶標基因
   ④利用microRNA-Gene之間靶標關系和表達量的顯著負相關關系構建Module特異的microRNA調控網絡和microRNA與基因的調控網絡

3.分析結果

①篩選差異基因功能集的結果如下:

基因功能集名稱基因個數FDR顯著性
KEGG_AMINOACYL_TRNA_BIOSYNTHESIS10<=0.001
KEGG_PROSTATE_CANCER9<=0.001
KEGG_ASTHMA5<=0.001
CELL_ACTIVATION6<=0.001

②microRNA靶標預測結果

microRNA基因簡稱
miR-665Gon4l
miR-665Lsg1
miR-665Mast2
miR-665Shisa4
miR-665Tmed3

③Module特異的microRNA調控網絡樣式如下,其中包括miRNA與Module內基因的調控關系。


 
 


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